För närvarande är Prag flygplats inte direkt ansluten med någon järnväg. Även om det finns planer på att direkt ansluta flygplatsen med tåg, kommer det inte att byggas före 2020 och det förväntas att hela projektet kommer slutföras 2023–24.
De första aviserade planerna för en järnvägsförlängning skulle leda från Prag 6 (Veleslavín, varifrån bussar till flygplatsen går nu) till Václav Havel flygplats, med ytterligare linjer som fortsätter till Kladno. Järnvägen skulle direkt ansluta flygplatsen med centrum av staden vid Prags Masarykovo nádraží station. Vid högtrafik kunde sex tåg per timme göra en 27-minuters resa så fort som resan med taxi. Tåg till Veleslavín bör nå flygplatsen inom bara 11 minuter.
För närvarande är det enklaste sättet att komma till Prags centralstation (Praha hlavní nádraží), varifrån en direkt överföring till tågtrafiken till andra destinationer i Tjeckien och utomlands, att använda flygplatsens expressbuss.
Avlämningsställen för AE-Buss ligger direkt framför terminalbyggnaden vid Terminal 1 och Terminal 2 (ej för ombordstigning). Om du anländer till Terminal 2, observera att AE-bussen endast avgår från Terminal 1. Restiden dit är ca 25 till 35 minuter, beroende på trafiken.
För att använda den här tjänsten måste du köpa Airport Express-bussbiljetter. Biljetter kan köpas direkt från busschauffören eller i besökscentret i ankomsthallen. Observera att kollektivtrafikbiljetter (MHD) inte är giltiga på denna tjänst.