I dag har ikke Praha lufthavn noen direkte forbindelse til jernbanenettverket. Selv om det finnes planer om å lage en direkte togforbindelser til flyplassen, vil den ikke bli bygget før 2020, og det forventes at hele prosjektet vil bli ferdig i 2023-24.
De første annonserte planene viser en jernbaneforlengelse som vil gå fra Praha 6 (Veleslavín, fra hvor busser til flyplassen går nå) til Václav Havel lufthavn, med ytterligere linjer som fortsetter til Kladno. Jernbanen vil koble lufthavnen direkte til stasjonen Masarykovo nádraží i sentrum av Praha. På det travleste kan seks tog pr. time gjøre unna en 27-minutters reise like raskt som en taxi. Tog til Veleslavín skal kunne nå flyplassen innen bare 11 minutter.
For øyeblikket er Airport Express-bussen den enkleste måten å komme seg til Prahas hovedbanestasjon på (Praha hlavní nádraží), fra hvor en kan komme seg til andre destinasjoner i Tsjekkia og utlandet.
AE-bussholdeplassene ligger rett foran terminalbygningen ved Terminal 1 og Terminal 2 (ikke for ombordstigning). Hvis du ankommer Terminal 2, bør du være oppmerksom på at AE-bussen kun har avgang fra Terminal 1. Reisetiden er omtrent 25 til 35 minutter, avhengig av trafikken.
For å bruke denne tjenesten må du kjøpe Airport Express-bussbilletter. Billetter kan kjøpes direkte fra bussjåføren eller i ankomsthallen. Vær oppmerksom på at kollektivtrafikkbilletter (MHD) ikke er gyldige på denne tjenesten.