Atualmente o Aeroporto de Praga não está conectado diretamente a nenhuma ferrovia. Embora existam planos para se conectar ao aeroporto de forma direta via trem, as construção não terão início antes de 2020 e se espera que o projeto inteiro só esteja completo em 2023-24.

Os primeiros planos anunciados para uma extensão na ferrovia conectariam Praga 6 (Veleslavín, de onde os ônibus para o aeroporto partem agora) até o Aeroporto Václav Havel, com mais linhas continuando até Kladno. A ferrovia conectaria o aeroporto diretamente com o centro da cidade na estação Masarykovo nádraží. Na hora do rush, seis trens por hora poderiam fazer uma jornada de 27 minutos, tão rápida quanto uma jornada de táxi. Os trens partindo de Veleslavín chegariam até o aeroporto em somente 11 minutos.

No momento, a maneira mais fácil de se chegar na Estação Central de Trem de Praga (Praha hlavní nádraží), de onde é possível fazer transferência direta para serviços de trem operando dentro da República Checa e no exterior, é usar o ônibus Airport Express.

As paradas do ônibus AE são localizadas imediatamente à frente do prédio do terminal no Terminal 1 e Terminal 2 (onde não há embarque). Se você estiver desembarcando no Terminal 2, por favor observe que o ônibus AE parte somente do Terminal 1.  O tempo de viagem a partir daí é de 25 a 35 minutos, dependendo do trânsito.

Para usar esse serviço você precisa comprar os bilhetes de ônibus Airport Express. O bilhetes podem ser comprados diretamente com o motorista do ônibus ou no Centro de Visitantes no Saguão de Desembarque. Por favor observe que bilhetes de transporte público (MHD) não são válidos nesse serviço.