După punerea în funcțiune a unei piste paralele, pista principală va fi folosită pentru decolări spre Jeneč, în timp ce pista paralelă, va fi utilizată pentru debarcări dinspre Nebušice. Capacitatea sistemului de piste ar trebui să crească la 72 de decolări și aterizări pe oră de la nivelul actual de 46 în timpul orelor de vârf.
Există un plan de a construi o nouă pistă de decolare și aterizare care va fi paralelă cu pista principală existentă 06/24. Deși în 2004, directorul general al Autorității Cehe pentru Aeroporturi, Martin Kačur, a anunțat planificarea începerii construcției în 2007, iar finalizarea doi ani mai târziu, doar la 27 octombrie 2011 proiectul de construcție a primit de la Ministerul Mediului aprobarea EIA (evaluarea impactului asupra mediului). Cererea a fost depusă prima dată în 2005 și a adunat peste 3600 de comentarii. Cu toate acestea, o parte din aprobare este reprezentată de 71 de condiții, printre altele, întreruperea funcționării aeroportului de la miezul nopții până la 05:29 am. În cursul anului 2013, Aeroportul din Praga completează materiale pentru obținerea unui permis zonal pentru construirea așa-numitei piste paralele, care ar trebui să fie paralelă cu pista principală existentă. Construcția ar trebui să înceapă în 2016 și deschiderea unei noi piste ar putea avea loc în 2019.
Actuala pista 06/24 este pista principală a aeroportului și este utilizată pentru mai mult de 80% din traficul aeroportului. Pista secundară 12/30 poate fi utilizată pentru operațiuni numai în cazurile în care nu este posibilă utilizarea pistei 06/24 din motive tehnice sau meteorologice. Aceasta înseamnă că, deși Aeroportul Praga are două piste, numai una este folosită. Capacitatea unei singure piste în decurs de o oră este de 46 de mișcări de aeronave (decolări și aterizări), care situează acest aeroport printre cele mai bune din Europa în ceea ce privește fluxul de trafic pe o pistă (liderul absolut este Aeroportul Gatwick din Londra, cu o capacitate de 46 – 50 de mișcări în funcție de raportul de decolări și aterizări). Cu toate acestea, chiar și o astfel de capacitate nu este suficientă și sistemul de piste al aeroportului este în prezent suprasolicitat.
Soluția la această problemă este construirea unei noi piste paralele 06R/24L. Aceasta va fi situată la 1525 de metri sud de pista existentă, care va fi redenumită 06L/24R. Noua pistă va fi amplasată în zona unei piste originale a aeroportului, 04/22, care va fi anulată. Noua pistă va avea dimensiunile 3550 x 60 de metri, și va fi echipată ca o pistă-instrument pentru apropierea cu precizie, cu instalații ILS CAT IIIB în ambele direcții (ILS CAT IIIB permite spre exemplu aterizarea automată în condiții de vizibilitate zero până la atingerea pământului). Investiția în noua pistă paralelă va fi de 9 miliarde CZK.
Terenul pentru pista paralelă, în ciuda planului strategic pe termen lung cunoscut, a fost vândut în 2003 de Fondul Funciar al Republicii Cehe la proprietari privați pentru prețul unui teren agricol. Mai mult de 70 de hectare din acest teren au fost achiziționate de către un grup de investiții numit Penta Investments, în 2005, atunci când a oferit un preț mai bun decât statul (500-1000 CZK/m²) . Aeroportul Praga a dobândit acest teren la sfârșitul anului 2008. Terenul a fost considerat crucial pentru valoarea Aeroportului Praga, care a fost pregătit pentru privatizare. Venitul net din tranzacții în beneficiul Penta ar fi fost CZK 3-3,5 miliarde, cu prețul pe metru pătrat de teren ajungând la aproximativ CZK 5500. Conform săptămânalului EURO, făcând referire la surse credibile, grupul de investiții a cerut CZK 10-12.000 pe metru pătrat (un total de mai mult de șapte miliarde de coroane). Co-proprietar al Penta, Mark Dospiva, a confirmat prețul pe metru pătrat ca fiind negociabil, totuși avantajos pentru stat. Tranzacția a fost în cele din urmă realizată nu ca și o cumpărare de teren, ci prin achiziționarea de acțiuni de către societatea Realitní Developerská, permițând reducerea plăților fiscale pentru țară.
În 2005, Parlamentul Republicii Cehe a adoptat o lege specială nr 544/2005 Coll, cu privire la construcția pistei de decolare și de aterizare 06R – 24L a Aeroportului Praga – Ruzyně, care a declarat construcția noii piste de interes public, precum și posibilitatea de expropriere automată a terenului necesar. În martie 2009, legea a fost declarată neconstituțională de către Curtea Constituțională și a fost anulată. Astfel, Curtea a răspuns pozitiv propunerii făcută de 17 senatori, la care un alt senator a adăugat ulterior numele său, și anume , Karel Schwarzenberg .
O serie de asociații ale rezidenților locali din apropiere de aeroport nu sunt de acord cu construcția pistei, temându-se de deteriorarea mediului în care trăiesc. Acestea includ Asociația Civică pentru Nebušice. Criticii construcției aeroportului au contestat cu succes ilegalitatea deciziei luate de autoritățile orașului Praga în fața Curții Supreme Administrative atunci când s-a luat în discuție planul zonal.
Ulterior, Autoritatea Municipală a orașului Praga a încercat, fără succes, să conteste hotărârea Curții Administrative de plângere în fața Curții Constituționale. Cu toate acestea, la 28 noiembrie 2006, Curtea Constituțională a respins plângerea și, astfel, a confirmat definitiv ilegalitatea procedurii de pregătire a construcției noii piste.
Autoritatea municipală a adoptat apoi un nou plan zonal. Acesta a fost din nou contestat în fața Curții Supreme Administrative. Cu toate acestea, plângerea privind întreruperea procedurii a fost respinsă. La 25 martie 2009, Curtea Constituțională a concluzionat că Curtea Administrativă Supremă trebuie să re-examineze acest caz, deoarece decizia a fost „prea formală” și „o astfel de procedură nu a fost găsită de către Senatul Curții Constituționale ca fiind conformă constituției”. Verdictul Curții nu are un efect imediat asupra proiectului pistei.