Pradėjus eksploatuoti lygiagretų kilimo ir tūpimo taką, pagrindinis kilimo ir tūpimo takas bus naudojamas kilimui Jenečo link, o lygiagrečiu – tūpimui iš Nebušicės krypties. Kilimo ir tūpimo tako sistemos pajėgumas turėtų padidėti iki 72 pakilimų ir tūpimų per valandą nuo dabartinių 46 piko metu.
Planuojama nutiesti naują kilimo ir tūpimo taką, kuris bus lygiagretus esamam pagrindiniam kilimo ir tūpimo takui 06/24. Nors 2004 m. Čekijos oro uostų administracijos generalinis direktorius Martinas Kačuras paskelbė apie planuojamą statybų pradžią 2007 m., o baigtas po dvejų metų, tik 2011 m. spalio 27 d. statybos projektas gavo Aplinkos ministerijos patvirtinimą dėl PAV. (Poveikio aplinkai vertinimas). Paraiška pirmą kartą buvo pateikta 2005 m. ir sulaukė daugiau nei 3600 pastabų. Tačiau dalis patvirtinimo yra 71 sąlyga; be kita ko, visiškas oro uosto darbo laiko nutraukimas nuo vidurnakčio iki 5:29 val. 2013 m. Prahos oro uostas baigė rengti medžiagas, skirtas gauti zonų leidimą statyti vadinamąjį lygiagretų kilimo ir tūpimo taką, kuris turėtų būti lygiagretus esamam pagrindiniam kilimo ir tūpimo takui. Statybos turėtų prasidėti 2016 m., o naujas kilimo ir tūpimo takas galėtų būti atidarytas 2019 m.
Dabartinis 06/24 kilimo ir tūpimo takas yra pagrindinis oro uosto kilimo ir tūpimo takas ir juo vyksta daugiau nei 80 % oro uosto eismo. Antrinis kilimo ir tūpimo takas 12/30 gali būti naudojamas eksploatuoti tik tais atvejais, kai dėl techninių ar meteorologinių priežasčių nėra galimybės naudotis 06/24 kilimo ir tūpimo taku. Tai reiškia, kad nors Prahos oro uostas turi du kilimo ir tūpimo takus, naudojamas tik vienas. Vieno kilimo ir tūpimo tako valandinis pajėgumas yra 46 orlaivių judėjimai (pakilimai ir nusileidimai), todėl šis oro uostas yra vienas geriausių Europoje pagal eismo srautą vienu kilimo ir tūpimo taku (absoliutus lyderis yra Londono Getviko oro uostas, kurio talpa 46- 50 judesių, priklausomai nuo pakilimų ir tūpimų santykio). Tačiau net ir tokio pajėgumo neužtenka, o oro uosto kilimo ir tūpimo tako sistema šiuo metu yra per daug apkrauta.
Problemos sprendimas – naujo lygiagrečio kilimo ir tūpimo tako 06R/24L statyba. Jis bus įrengtas 1525 metrus į pietus nuo esamo kilimo ir tūpimo tako, kuris bus pervadintas į 06L/24R. Naujasis kilimo ir tūpimo takas bus įrengtas originaliame oro uosto kilimo ir tūpimo take 04/22, kuris bus atšauktas. Naujojo kilimo ir tūpimo tako matmenys bus 3550 x 60 metrų. Jis bus įrengtas kaip instrumentinis kilimo ir tūpimo takas tiksliam artėjimui tūpti su ILS CAT IIIB įrenginiu abiem kryptimis (ILS CAT IIIB leidžia, pvz., automatiškai tūpti esant nuliniam matomumui iki paliečiant žemę). Investicijos į naują lygiagretų kilimo ir tūpimo taką sieks 9 mlrd. CZK.
Žemę lygiagrečiam kilimo ir tūpimo takui, nepaisant seniai žinomo strateginio plano, 2003 m. Čekijos Respublikos žemės fondas pardavė privatiems savininkams už žemės ūkio paskirties žemę. Daugiau nei 70 hektarų šios žemės investicijų grupė „Penta Investments“ įsigijo 2005 m., kai pasiūlė geresnę nei valstybė kainą (500–1000 CZK/m²). Prahos oro uostas šią žemę įsigijo 2008 metų pabaigoje. Žemė buvo laikoma itin svarbia privatizuoti ruošiamo Prahos oro uosto kainai. Teigiama, kad grynosios pajamos iš sandorio Penta naudai turėjo būti 3–3,5 mlrd. CZK, o žemės kvadratinio metro kaina siekė maždaug 5500 CZK. Remiantis savaitraščiu EURO, nurodant patikimus šaltinius, investicijų grupei reikėjo 10–12 000 CZK už kvadratinį metrą (iš viso daugiau nei septynių milijardų kronų). Bendrovės „Penta“ bendraturtis Markas Dospiva patvirtino, kad kvadratinio metro kaina yra sutartinė, vis dar naudinga valstybei. Sandoris galiausiai buvo įgyvendintas ne kaip žemės pirkimas, o perkant akcijas bendrovei Realitní developerská, taip sumažinant šalies mokesčių mokėjimą.
2005 m. Čekijos Respublikos parlamentas priėmė specialų įstatymą Nr. 544/2005 Col. dėl Prahos-Ruzyně oro uosto kilimo ir tūpimo tako 06R – 24L statybos, kuris paskelbė naujojo oro uosto statybą. kilimo ir tūpimo tako, nes tai atitinka viešąjį interesą, ir reikalinga galimybė automatiškai nusavinti žemę. 2009 m. kovo mėn. Konstitucinis Teismas įstatymą pripažino prieštaraujančiu Konstitucijai ir panaikino. Taigi teismas įvykdė 17 senatorių pasiūlymą, prie kurio vėliau savo pavardę įtraukė kitas senatorius, būtent Karelis Schwarzenbergas.
Nemažai šalia oro uosto esančių vietos gyventojų asociacijų nesutinka su kilimo ir tūpimo tako statyba, baimindamiesi, kad pablogės jų gyvenamoji aplinka. Tarp jų – Pilietinė Nebušice asociacija. Oro uosto statybų kritikai, svarstant zonų planą, sėkmingai užginčijo Prahos valdžios sprendimų neteisėtumą Aukščiausiajame administraciniame teisme.
Vėliau Prahos savivaldybės administracija nesėkmingai bandė apskųsti Administracinio teismo sprendimą pateikdama skundą Konstituciniam Teismui. Tačiau 2006 m. lapkričio 28 d. Konstitucinis Teismas skundą atmetė ir taip galutinai patvirtino naujo kilimo ir tūpimo tako statybos tvarkos rengimo neteisėtumą.
Tada savivaldybės administracija priėmė naują teritorijų planą. Jis dar kartą buvo apskųstas Vyriausiajam administraciniam teismui. Tačiau skundas dėl nutraukimo buvo atmestas. 2009 m. kovo 25 d. Konstitucinis Teismas padarė išvadą, kad LVAT turi iš naujo nagrinėti šią bylą, nes sprendimas buvo „pernelyg formalus“ ir „Konstitucinio Teismo Senatas nepripažino tokios tvarkos konstituciškai atitinkančia“. Teismo sprendimas neturi tiesioginės įtakos kilimo ir tūpimo tako projektui.