След въвеждане в експлоатация на успоредна писта, главната писта ще се използва за излитане към Jeneč, докато успоредната писта ще се използва за кацане от посока Nebušice. Капацитетът на системата за излитане и кацане трябва да се увеличи до 72 излитания и кацания на час от сегашните 46 по време на пиковите часове.
Има план за изграждане на нова писта за излитане и кацане, която да бъде успоредна на съществуващата главна писта 06/24. Въпреки че през 2004 г. генералният директор на чешките летища Мартин Качур обяви планираното начало на строителството през 2007 г. и завършено две години по-късно, едва на 27 октомври 2011 г. строителният проект получи одобрението на Министерството на околната среда на ОВОС. (оценка на въздействието върху околната среда). Заявлението беше подадено за първи път през 2005 г. и събра над 3600 коментара. Част от одобрението обаче е 71 условия; наред с други неща, пълно прекратяване на работното време на летището от полунощ до 5:29 сутринта. През 2013 г. летището в Прага завършваше материалите за получаване на разрешение за зониране за изграждане на т. нар. паралелна писта, която трябва да бъде успоредна на съществуващата главна писта. Строителството трябва да започне през 2016 г., а откриването на нова писта може да стане през 2019 г.
Настоящата писта 06/24 е основната писта на летището и се използва за повече от 80% от трафика на летището. Вторичната писта 12/30 може да се използва за експлоатация само в случаите, когато не е възможно да се използва писта 06/24 по технически или метеорологични причини. Това означава, че въпреки че летището в Прага има две писти, се използва само една. Почасовият капацитет на една писта е 46 самолетни движения (излитане и кацане), което нарежда това летище сред най-добрите в Европа по отношение на трафика на една писта (абсолютен лидер е летище Лондон Гетуик с капацитет 46- 50 движения в зависимост от съотношението на излитане и кацане). Но дори и такъв капацитет не е достатъчен, а системата на летищната писта в момента е претоварена.
Решението на проблема е изграждането на нова паралелна писта 06R/24L. Той ще се намира на 1525 метра южно от съществуващата писта, която ще бъде преименувана на 06L/24R. Новата писта ще бъде разположена в оригинална писта на летището на 04/22, която ще бъде отменена. Новата писта ще има размери 3550 х 60 метра. Той ще бъде оборудван като писта за излитане и излитане по прибори за прецизен подход със съоръжение ILS CAT IIIB в двете посоки (ILS CAT IIIB позволява, напр. автоматично кацане при нулева видимост до докосване на земята). Инвестицията в новата паралелна писта ще бъде 9 милиарда CZK.
Земята за паралелната писта, въпреки отдавна познатия им стратегически план, беше продадена през 2003 г. от Поземления фонд на Чешката република на частни собственици за цената на земеделска земя. Повече от 70 хектара от тази земя бяха закупени от инвестиционна група на име Penta Investments през 2005 г., когато тя предложи по-добра цена от държавата (500-1000 CZK/m²). Летище Прага придоби тази земя в края на 2008 г. Земята се смяташе за решаваща за цената на летището в Прага, което се подготвяше за приватизация. Твърди се, че нетният доход от сделката в полза на Penta е трябвало да бъде 3-3,5 милиарда CZK, като цената на квадратен метър земя достига приблизително 5500 CZK. Според седмичника EURO, позовавайки се на достоверни източници, инвестиционната група изисква 10–12 000 CZK на квадратен метър (общо повече от седем милиарда крони). Съсобственикът на Penta Марк Доспива потвърди, че цената на квадратен метър е цена по договаряне, все още изгодна за държавата. Сделката в крайна сметка беше реализирана не като покупка на земя, а чрез закупуване на акции от Realitní developerská company, което позволява намаляване на данъчните плащания за страната.
През 2005 г. парламентът на Чешката република прие специален закон № 544/2005 Coll. за изграждането на пистата за излитане и кацане 06R – 24L на летище Прага-Рузине, който декларира изграждането на новото писта като в обществен интерес и е необходима възможност за автоматично отчуждаване на земя. През март 2009 г. законът беше обявен за противоконституционен от Конституционния съд и беше отменен. Така съдът се съобрази с предложението на 17 сенатора, към което впоследствие добави името си друг сенатор, а именно Карел Шварценберг.
Редица сдружения на местни жители в близост до летището не са съгласни с изграждането на пистата, опасявайки се от влошаване на средата, в която живеят. Те включват Гражданската асоциация за Небушице. Критиците на строителството на летището успешно оспориха незаконосъобразността на вземането на решения на пражките власти пред Върховния административен съд при обсъждане на устройствен план.
Впоследствие общинските власти в Прага се опитаха безуспешно да оспорят решението на Административния съд чрез жалба пред Конституционния съд. На 28 ноември 2006 г. обаче Конституционният съд отхвърли жалбата и по този начин окончателно потвърди незаконосъобразността на подготовката на процедурата за изграждане на новата писта.
Тогава общинските власти приеха нов устройствен план. То отново беше оспорено пред Върховния административен съд. Жалбата за прекратяване обаче беше отхвърлена. На 25 март 2009 г. Конституционният съд заключи, че Върховният административен съд трябва да преразгледа това дело, тъй като решението е „твърде формалистично” и „Сенатът на Конституционния съд не намира такава процедура за конституционно съобразена”. Присъдата на Съда няма непосредствен ефект върху проекта на пистата.