Paralel bir pistin devreye alınmasından sonra, ana pist Jeneč’e doğru kalkışlar için kullanılacak, paralel pist ise Nebušice yönünden inişler için kullanılacak. Pik sistem kapasitesi, yoğun zamanlarda mevcut 46’dan saatte 72 kalkış ve inişe yükselmelidir.
Mevcut ana pist 06/24 ile paralel olacak yeni bir kalkış ve iniş pisti inşa etme planı bulunmaktadır. 2004 yılında Çek Hava Meydanları İşletmesi Genel Müdürü Martin Kačur, inşaatın 2007’de başlamasını planladığını ve iki yıl sonra tamamlandığını duyurmasına rağmen, inşaat projesinin Çevre Bakanlığı’ndan ÇED onayı alması ancak 27 Ekim 2011’de gerçekleşti. (Çevresel etki değerlendirmesi). Başvuru ilk olarak 2005 yılında yapılmış ve 3600’den fazla yorum toplamıştı. Ancak, onayın bir kısmı 71 koşuldur; diğer şeylerin yanı sıra, gece yarısından 05:29’a kadar havaalanının çalışma saatlerinin tamamen durdurulması. 2013 yılında Prag Havalimanı, mevcut ana piste paralel olması gereken sözde paralel pistin inşası için imar izni almak için gerekli malzemeleri tamamlıyordu. İnşaat 2016’da başlamalı ve yeni bir pistin açılışı 2019’da gerçekleşebilir.
Mevcut 06/24 pisti, ana havalimanı pistidir ve havalimanı trafiğinin %80’inden fazlası için kullanılmaktadır. İkincil pist 12/30, yalnızca 06/24 pistinin teknik veya meteorolojik nedenlerle kullanılmasının mümkün olmadığı durumlarda işletmek için kullanılabilir. Bu, Prag Havalimanı’nın iki pisti olmasına rağmen sadece bir pistin kullanıldığı anlamına gelir. Tek bir pistin saatlik kapasitesi 46 uçak hareketidir (kalkış ve iniş), bu da bu havalimanını bir pistteki trafik akışı açısından Avrupa’nın en iyileri arasında sıralar (mutlak lider 46-kapasiteli Londra Gatwick Havalimanı’dır). Kalkış ve iniş oranına bağlı olarak 50 hareket). Ancak bu kapasite bile yeterli değil ve havalimanı pist sistemi şu anda aşırı yüklenmiş durumda.
Sorunun çözümü, yeni bir paralel pist 06R/24L’nin inşasıdır. 06L/24R olarak yeniden adlandırılacak olan mevcut pistin 1525 metre güneyinde yer alacaktır. Yeni pist, 04/22 tarihinde iptal edilecek olan orijinal bir havalimanı pistinde yer alacak. Yeni pist 3550 x 60 metre boyutlarında olacak. Her iki yönde de bir ILS CAT IIIB tesisi ile hassas bir yaklaşma için aletli pist olarak donatılacaktır (ILS CAT IIIB, örneğin yere değene kadar sıfır görüşte otomatik inişe izin verir). Yeni paralel piste yapılacak yatırım 9 milyar CZK olacak.
Paralel pist için arazi, uzun zamandır bilinen stratejik planlarına rağmen, 2003 yılında Çek Cumhuriyeti Arazi Fonu tarafından özel mülk sahiplerine tarım arazisi fiyatına satıldı. Bu arazinin 70 hektardan fazlası 2005 yılında devletten daha iyi bir fiyatla (500-1000 CZK/m²) Penta Investments adlı bir yatırım grubu tarafından satın alınmıştır. Prag Havalimanı bu araziyi 2008 yılı sonunda satın aldı. Arsanın, özelleştirmeye hazırlanan Prag Havalimanı’nın fiyatı için çok önemli olduğu düşünülüyordu. Penta’nın lehine olan işlemin net gelirinin 3-3,5 milyar CZK olması ve arsanın metrekare başına fiyatının yaklaşık 5500 CZK’ya ulaşması gerekiyordu. Güvenilir kaynaklara atıfta bulunan haftalık EURO’ya göre, yatırım grubu metrekare başına 10–12.000 CZK (toplam yedi milyar krondan fazla) gerektiriyordu. Penta’nın ortak sahibi Mark Dospiva, metrekare başına fiyatın pazarlık edilebilir bir fiyat olduğunu ve devlet için hala avantajlı olduğunu doğruladı. İşlem nihayetinde bir arazi satın alımı olarak değil, Realitní Developerská şirketi tarafından hisselerin satın alınması yoluyla gerçekleştirildi ve ülke için vergi ödemelerinin azaltılmasına izin verildi.
2005 yılında, Çek Cumhuriyeti Parlamentosu, Prag-Ruzyně Havalimanı’nın Kalkış ve İniş 06R – 24L Pistinin İnşası hakkında 544/2005 Coll. sayılı özel bir yasayı kabul etti ve yeni havalimanının inşasını ilan etti. kamu yararına olduğu gibi pist ve ihtiyaç duyulan arazinin otomatik kamulaştırılması olasılığı. Mart 2009’da yasa Anayasa Mahkemesi tarafından anayasaya aykırı bulundu ve iptal edildi. Böylece mahkeme, 17 Senatörün önerisine uydu ve buna bir başka Senatör olan Karel Schwarzenberg daha sonra adını ekledi.
Havaalanı yakınlarındaki yerel sakinlerden oluşan bir dizi dernek, yaşadıkları çevrenin bozulmasından korktukları için pistin yapımına karşı çıkıyor. Bunlar, Nebušice için Sivil Derneği içerir. Havaalanı inşaatı eleştirmenleri, bir imar planını tartışırken Yüksek İdare Mahkemesi önünde Prag makamlarının karar vermelerinin hukuka aykırılığına başarıyla itiraz ettiler.
Prag Belediye Otoritesi daha sonra Anayasa Mahkemesine şikayette bulunarak İdare Mahkemesi kararına itiraz etmeyi denedi ancak başarısız oldu. Ancak, 28 Kasım 2006 tarihinde, Anayasa Mahkemesi şikayeti reddetmiş ve böylece yeni pist yapım prosedürünün hazırlanmasının hukuka aykırılığını kesin olarak teyit etmiştir.
Belediye makamı daha sonra yeni bir imar planını kabul etti. Yine Yüksek İdare Mahkemesi’nde itiraz edildi. Ancak, durdurma şikayeti reddedildi. 25 Mart 2009 tarihinde Anayasa Mahkemesi, kararın “fazla şekilci” olduğu ve “Anayasa Mahkemesi Senatosu böyle bir prosedürü anayasaya uygun görmediği” gerekçesiyle Danıştay’ın bu davayı yeniden incelemesi gerektiğine karar verdi. Mahkemenin kararının pist projesi üzerinde hemen bir etkisi yoktur.