Na de ingebruikname van een parallelle startbaan zal de hoofdstartbaan gebruikt worden voor vluchten die opstijgen richting Jeneč, terwijl de parallelle startbaan gebruikt zal worden voor landingen vanuit de richting van Nebušice. De startbaan systeemcapaciteit zou moeten stijgen naar 72 vertrekken en landingen per uur van de huidige 46 tijdens piekuren.
Er is een plan om een nieuwe start- en landingsbaan aan te leggen welke parallel zal liggen aan de bestaande hoofdstartbaan 06/24. Hoewel de Algemeen Directeur van de Czech Airports Authority, Martin Kačur, in 2004 de plannen aankondigde om de bouw te starten in 2007 en vervolgens twee jaar later te voltooien, kreeg het project pas op 27 oktober 2011 goedkeuring van het Ministerie van Millieu na de EIA (Milieu-effectrapportage). De aanvraag werd in 2005 ingediend en ontving 3600 opmerkingen. De goedkeuring komt wel met 71 voorwaarden, waaronder volledige stop van vluchten van middernacht tot 5:29 uur. In 2013 voltooit Prague Airport materialen voor het verkrijgen van vergunningen voor de bouw van de zogenoemde parallelle startbaan, welke parallel zal liggen aan de bestaande hoofdstartbaan. De bouw zou in 2016 moeten beginnen en de opening van de nieuwe startbaan zou in 2019 plaats moeten vinden.
De huidige startbaan 06/24 is de hoofdstartbaan van het vliegveld en wordt gebruikt voor meer dan 80% van het verkeer. De tweede startbaan 12/30 mag alleen gebruikt worden in gevallen waar het niet mogelijk is om startbaan 06/24 te gebruiken wegens technische of meteorologische redenen. Dit betekend dat hoewel Prague Airport twee startbanen heeft, er slechts één gebruikt wordt. De uurlijkse capaciteit van een enkele startbaan is 46 vliegtuig bewegingen (opstijgingen en landingen), wat dit dit vliegveld een van de beste in Europa maakt op het gebied van verkeersdoorstroming op een startbaan (de absolute leider is London Gatwick Airport met een capaciteit van 46-50 bewegingen afhankelijk van de ratio van opstijgingen en landingen). Deze capaciteit is echter niet genoeg en het startbanen systeem van het vliegveld is op het moment overbelast.
De oplossing voor het probleem is de bouw van een nieuwe parallelle startbaan 06R/24L. Deze zal 1525 meter ten zuiden van de bestaande startbaan gelegen zijn, welke hernoemd zal worden naar 06L/24R. De nieuwe startbaan zal gelegen zijn op de locatie van een bestaande startbaan, 04/22m, welke opgeheven zal worden. De nieuwe startbaan zal 3550 x 60 meter worden en uitgerust zijn als een instrument startbaan voor een precisie nadering met ILS CAT IIIB faciliteiten in beide richtingen (ILS CAT IIIB staat bijvoorbeeld automatische landing in nul zicht toestanden tot het raken van de grond toe). De investering in de nieuwe parallelle startbaan zal CZK 9 miljard bedragen.
Land voor de parallelle startbaan, ongeacht het lang bekende strategische plan, werd in 2003 door de Land Fund of the Czech Republic aan privé eigenaren verkocht voor de prijs van agrarisch land. Ruim 70 hectare van dit land werd in 2005 door een investeringsgroep genaamd Penta Investments gekocht, toen het een betere prijs bood dan de staat deed (500-1000 CZK/m²). Prague Airport bemachtigde dit land aan het einde van 2008. Het land werd geacht cruciaal te zijn voor de prijs van Prague Airport, welke opgemaakt werd voor privatisering. Het netto inkomen van de transactie, ten goede van Penta, zou volgens geruchten 3 tot 3,5 miljard bedragen hebben, wat de prijs per vierkante meter land op ongeveer CZK 5500 zou zetten. Volgens de wekelijkse EURO, die refereert naar betrouwbare bronnen, ontving de investeringsgroep CZK 10.000 tot 12.000 per vierkante meter (een totaal van ruim zeven miljard kronen). Mede eigenaar van Penta, Mark Dospiva, bevestigde dat de prijs per vierkante meter een onderhandelbare prijs was, welke nog steeds in het voordeel van de staat was. De transactie werd uiteindelijk niet als land aankoop gerealiseerd, maar door de aankoop van aandelen door de Realitní developerská onderneming, wat voor een verlaging van belasting betalingen voor het land zorgde.
In 2005, keurde het Parlement van de Tsjechische Republiek een speciale wet goed. No. 544/2005 Coll., over de Bouw van de Startbaan voor Opstijgen en Landen 06R – 24L van het Prague-Ruzyně Vliegveld, welke verklaart dat de bouw van de nieuwe startbaan in het voordeel van het volk is en de mogelijkheid geniet tot automatische onteigening van land waar nodig. In maart van 2009 werd de wet verklaard als zijnde in strijd met de grondwet, door het Grondwettelijk Hof en werd deze opgeheven. Het hof leefde daarmee het voorstel van 17 senators na, waaraan nog een senator, genaamd Karel Schwarzenberg, zijn naam toevoegde.
Een aantal verenigingen van locale bewoners nabij het vliegveld waren het niet eens met de bouw van de startbaan, in angst voor de verslechtering van de omgeving waarin zij wonen. Hieronder vallen de Civic Association voor Nebušice. De bouw critici waren succesvol in het aanvechten van de onwettigheid van de beslissingen van Praagse autoriteiten voor de Hoogste Administratieve Rechtbank bij de bespreking van een bestemmingsplan.
De Gemeentelijke autoriteiten van Praag probeerde vervolgens zonder succes de beslissing van de Administratieve Rechtbank aan te vechten bij het Grondwettige Hof. Op 28 november 2006 wees het Grondwettige Hof echter de klacht af waarmee de onwettigheid van de procedure voor de aanleg van de nieuwe startbaan bevestigd werd.
De Gemeentelijke autoriteiten wijzigden vervolgens het bestemmingsplan. Dit werd nogmaals aangevochten voor het Hoogste Administratieve Hof, maar deze klacht werd verworpen. Op 25 maart 2009 concludeerde het Grondwettige Hof dat het Hoogste Administratieve Hof deze zaak nogmaals moet onderzoeken omdat de beslissing “te formalistisch” en “een dergelijke procedure door de Senaat van het Grondwettige Hof niet in overeenstemming met de grondwet bevonden werd”. De uitspraak van het Hof heeft geen direct effect op het startbaan project.