Există trei semne la biroul de control al pașaportului: 1) Non-EU, 2) numai EU și 3) numai EU, dar cu prioritate pentru personalul diplomatic și echipajele de zbor. Cele mai multe naționalități nu necesită viză pentru a intra în țară, dar poți verifica această informație aici. Comparabil cu alte aeroporturi din UE, controlul pașapoartelor poate fi uneori destul de încet (cel mai probabil în cazul în care sosești la ore de vârf, de la 10:00 a.m. la 2:00 p.m.). Există 12 ghișee de control al pașapoartelor, dar în general nu sunt toate folosite în același timp. Per ansamblu, securitatea la Aeroportul din Praga este strictă, dar eficientă.
Dacă vii din interiorul zonei Schengen (toate zborurile spre/de la Terminalul 2), nu există un control al pașapoartelor. Cele mai multe țări din UE sunt în prezent membre ale zonei Schengen (excluzând Marea Britanie).
Aeroportul din Praga Poarta-E
Aeroportul din Praga oferă călătorilor posibilitatea verificării automate a pașaportului prin intermediul așa-numitului „E-Gate”. Bazat pe tehnologia Easy-Go, noul echipament permite cetățenilor UE, ai Zonei Economice Europene, și ai Elveției să beneficieze de auto-verificare, cu condiția ca ei să dețină un pașaport biometric și să aibă peste 18 ani. De la început până la sfârșit, întregul proces de verificare în cadrul porții E durează 12-20 de secunde. Utilizarea noii tehnologii va crește în mod substanțial capacitatea aeroportului de verificare a pașapoartelor. Poarta E este disponibilă pentru pasagerii care sosesc în Terminalul 1 (pasagerii care sosesc în Terminalul 2 nu au nevoie să fie verificați de serviciul pentru imigrație deoarece toate zborurile sunt din zona Schengen).