Seuraavassa eri mahdollisuuksia auton pysäköintiin saatettaessa matkustajaa kentälle tai tultaessa vastaanottamaan häntä.

- Maksutta on mahdollista käyttää henkilöautojen lyhytaikaiseen pysäköintiin tarkoitettua aluetta, jonne on sallittua pysäköidä matkustajien autosta tai autoon siirtymistä varten korkeintaan 10 minuutiksi. Sen jälkeen on maksu jokaisesta alkavasta puolesta tunnista 100 CZK.

 - Pitempiaikaiseen pysäköintiin on tarkoitettu pysäköintitalo C, jossa maksu ensimmäiseltä tunnilta on 40 CZK, toiselta tunnilta 40 CZK ja jokaiselta seuraavalta tunnilta 50 CZK.

- Liikuntavammaiset henkilöt voivat pysäköidä maksutta, jota varten he saavat pysäköintitalon C pohjakerroksessa sijaitsevasta Tšekin lentoasemahallinnon pysäköintivalvonnasta vapaapysäköintikortin.

Prahan lentoasema tarjoaa myös sopimuspysäköintimahdollisuutta hotelleille, liikennöitsijöille ja minibusseja käyttäville matkatoimistoille. Sopimuksen perusteella nämä saavat kortin, joka oikeuttaa pysäköintiin aivan terminaalin edessä ns. ensimmäisellä tai toisella linjalla. Hinta autolta on noin 3000 CZK kuukaudessa + ALV maksettaessa 3 kuukaudelta etukäteen. Toinen mahdollisuus on pysäköintikortti, joka oikeuttaa rajoittamattomaan pysäköintiin pysäköintitalossa C. Hinta on noin 18000 CZK/vuosi. Uudessa pysäköintitalossa D, jonka kapasiteetti on 850 paikkaa ja joka on tarkoitettu pitkäaikaiseen pysäköintiin, on hinta viikolta alkuperäisen 2 000 CZK sijasta nyt vain 1 200 CZK. Kahden viikon pysäköinti maksaa 1 900 CZK. Kaikkien pysäköintialueiden vartiointia on tehostettu ja jo tänä kesänä ovat pysäköintitalon C tilat valvottuja. Pysäköintitalo D on noin 10 minuutin kävelymatkan päässä lentoasemasta. Sieltä on mahdollista käyttää kaupunginliikenteen bussia terminaaleille Pohjoinen 1 ja 2 (1 pysäkki). Bussilipun saa pysäköintilipun mukana, jonka hintaan se sisältyy.